地球人とズミスク星人のハーフである三羽ねる（みばねる）は、父である三羽テル博士が事件に巻き込まれたのをきっかけに、とある水着を手に入れる。その水着との融合こそがスーパーヒロイン・ヴァルキリーエクメーネとなる鍵であった。そしてその力は、なんとねるの父親三羽テル博士の研究のたまものであった。研究の成果を狙う闇の組織「D」。三羽テル博士は、「D」の送り込んだ怪人に命を絶たれる。ねるの目の前で起こった惨劇にねるは、父の仇を討つことを心に誓うのだった。